根据“三定”方案，乐山市民族宗教事务委员会设定6个内设中层机构。

1.办公室（挂中共乐山市委民族宗教工作委员会办公室牌子，简称市委民宗工委办）

协助局领导处理日常工作；负责机关政务的综合协调和目标管理工作；负责机关文秘、信息、政务公开、网站建设、档案、信访、保密、保卫、接待、行政管理、办公自动化等工作；承担新闻发布、官方微博等事宜；负责机关组织人事、机构编制、退休人员管理工作；协调接待民族宗教工作部门重要学习、参观、考察等事宜；承办春节、彝族年慰问和民族自治地方重大庆典活动事宜；负责机关财务、审计、国有资产、基本建设、政府采购的管理工作；研究民族宗教理论、政策及重大问题并提出促进民族宗教工作的政策建议；起草有关民族、宗教工作的综合性重要文稿；负责协调推动有关部门履行民族宗教工作相关职责；联系市委民族宗教工委委员和委员单位；承担市委民宗工委具体工作。

2.政策法规科（行政审批科）    

负责起草民族宗教地方性法规、政府规章草案，拟订政策措施；组织开展民族宗教政策、法律法规的宣传教育和贯彻实施，开展督促检查；负责民族宗教法律、法规及政策贯彻执行情况的监督检查，承担督导民族区域自治法贯彻落实的具体工作，承办依法治市“法律七进”相关工作；指导督促民族团结进步创建活动与和谐寺观教堂创建活动；承担本系统、本部门依法行政工作的组织协调和督促指导，承担行政执法监督、行政复议、行政应诉和行政调解等工作；承担城市民族工作职责，研究提出城市少数民族法治化、社会化管理的政策建议，协调流动少数民族服务管理工作；负责指导协调处理城市涉及民族因素的矛盾纠纷及影响民族关系的重大事件；审核大型宗教活动、跨县级行政区域宗教活动行政审批及违法宗教活动处罚，承办民族识别、民族成份确认工作。

3.经济发展科

组织分析民族地区经济运行情况，配合制定民族地区经济和社会发展规划；研究提出涉及民族自治地方的财政、金融、税收、经贸等方面的特殊政策措施，指导和协调民族贸易、民族特需用品生产及国家、省对这方面实行的优惠政策的组织实施；协助推进民族地区的科技发展和对口支援及经济技术合作；组织对民族地区改革与发展中有关问题的调查研究，提出特殊政策措施；组织协调实施省、市民族地区民生工程中的相关工作；配合有关部门承担民族地区扶贫有关事宜，负责委机关定点扶贫工作；负责民族“两项资金”、少数民族发展资金、散杂居少数民族发展资金、市本级民族专项资金的管理、督促、实施；提出省民宗委下达的有关专项资金分配、使用意见。

4.社会事业科（挂乐山市少数民族语言文字工作委员会办公室牌子，简称市民语委办）

参与研究制定民族教育的有关政策、法规和规划，配合教育主管部门承担对民族地区的教育援助和国家对民族教育扶持的有关事宜；参与研究制定有关少数民族和民族地区文化、艺术、卫生、体育、语言文字、新闻出版等有关社会事业发展政策和规划，提出相关的特殊政策措施；主办重大民族文化体育活动；协助开展少数民族的对外文化、艺术交流和对外宣传工作；配合开展民族地区计划生育政策宣传工作；协助民族医药的挖掘整理和民族文物的保护工作；管理全市少数民族语言文字和少数民族古籍整理；指导民族语文翻译、出版、广播、影视等工作；组织协调民族语言文字规范化、标准化和信息化工作，指导民族语言文字翻译、出版工作，负责市人代会彝文翻译工作；负责机关对外宣传工作；承担市民语委办的日常事务。 

5.佛教道教伊斯兰教工作科

承办佛教、道教、伊斯兰教事务依法管理工作，开展调研并提出政策建议；指导相应宗教团体和院校依法依章开展工作；联系相应宗教界人士，做好相应宗教教职人员的培养教育；指导县（市、区）政府宗教事务部门依法管理佛教、道教、伊斯兰教事务，推进佛教、道教、伊斯兰教事务法制化、社会化管理工作；承办伊斯兰教朝觐事务等有关管理工作；帮助宗教团体办好宗教院校；指导佛教、道教、伊斯兰教界对外交往工作；承办五大宗教以外其他宗教和民间信仰事务的依法管理工作；防范治理利用佛教、道教、伊斯兰教进行的非法、违法活动；负责相关资金的申报，提出使用、分配意见，加强监督检查。

6.天主教基督教工作科

承办天主教、基督教事务依法管理工作，开展调研并提出政策建议；指导相应宗教团体依法依章开展工作；联系相应宗教界人士，做好相应宗教教职人员的培养教育；指导县（市、区）政府宗教事务部门依法管理天主教、基督教事务，推进天主教、基督教事务法制化、社会化管理工作；指导天主教、基督教界对外交往工作；防范治理利用天主教、基督教进行的非法、违法活动，配合有关部门抵御境外利用宗教进行的渗透；负责相关资金的申报，提出使用、分配意见，加强监督检查。